Rachel, la madre de Rebecca, recupera la consciencia y anuncia un futuro impactante: “La vida de Mother está a punto de agotarse y la humanidad de todo el universo se extinguirá”. Para evitarlo, la tripulación de la Edens Zero se embarca en un viaje hacia el último mundo irreversible, el “Universo 0”. Y el escenario es Granbell, el lugar donde todo comenzó. Shiki, Rebecca y Happy se vuelven a encontrar, ¡y comienzan una nueva aventura para salvar el mundo!