El último ángel hace su aparición, pero ejerce su libre albedrío y antes de morir le explica a Shinji quién es el gigante del Dogma Teminal. Sin embargo, la victoria no contenta a todos: los ancianos de SEELE están muy contrariados por los sucesos contrarios a sus planes, así que toman cartas más directas en el asunto. Todos los miembros de NERV entenderán de la peor manera que la derrota de los ángeles no implica que se acaben los enemigos.