Chise y Elías deciden empezar una nueva etapa. Chise es invitada a asistir a la escuela y, una vez allí, recuerda que nunca se le dieron bien las relaciones sociales y tiene los nervios a flor de piel. Poco a poco va conociendo a sus nuevos compañeros, todos ellos muy curiosos de saber sobre ella, ya que se trata de una escuela de alquimistas y ellos no están familiarizados con la magia. Algunos le piden a Chise que les muestre magia. Mientras unos y otros están adaptándose a la escuela, una sombra se cierne sobre su aparente tranquilidad.