Rubí y Zafiro continúan con sus aventuras para conseguir sus metas en la región de Hoenn. Rubí quiere ganar en todos los concursos de Pokémon y Zafiro, ganar a los Líderes de Gimnasio. A cada lugar que van, se topan con peligros que deben superar y, aunque van por separado, coincidirán en esta ocasión teniendo que vérselas con unos tipos que no parecen tener buenas intenciones.