Shinji sigue atrapado y se pone en marcha un plan para rescatarlo. ¿Por qué parece las unidades Evangelion tienen mente propia? Aprovechando la crisis, ¡Fuyutsuki es secuestrado por Seele! Al parecer el comité desconfía de Gendo y quieren saber sus planes. Los secretos del Proyecto E y el origen de NERV son más profundos de lo que se podía pensar y quien intenta acercarse a la verdad puede perder la vida.