Shiki y sus amigos luchan junto a Shura y a la Oración Seis Interestelar para reprimir la rebelión de Müller, miembro de la Oración Seis Galactica. Poco después se reúnen con los directores de Operaciones del Gran Universo y fijan el rumbo hacia el Cosmos Yukino. Cuando la tripulación de la Edens Zero llega al planeta Miltz. la directora de Operaciones del Cosmos Yukino, Rachel, los recibe con una cálida bienvenida. Sin embargo, ¡la mano perversa de Void se acerca! Rebecca es la primera afectada cuando percibe que el tiempo se detiene y descubre que ella sola deberá enfrentar a la Oración Seis Galáctica. En medio de todo este conflicto, ¿qué sucederá con la búsqueda de Mother?