El temible alienígena Temperor llega a la Tierra a sembrar nuevas semillas de conflicto y a avivar las llamas de la batalla. En consecuencia, los terrícolas comienzan a dudar más que nunca del equipo de Ultraman y los conflictos con los extraterrestres se incrementan considerablemente. A causa de esto y de su aflicción por la pérdida de Bemlar, Shinjiro comienza a cuestionar su misión como Ultraman.